De omschrijving van het innovatiedoel vormt het uitgangspunt van de steunovereenkomst. Wijzigingen in de uitvoering binnen het innovatiedoel zijn mogelijk zonder aanpassing van de overeenkomst. Ten laatste na de uitvoering van het doctoraat is een verslag vereist met:

• de geboekte wetenschappelijke vooruitgang
• de uitvoering van het innovatiedoel met inbegrip van strategische toepassing
• een valorisatieverslag
• een financieel verslag

Ten laatste na 2 jaar wordt een tussentijdse evaluatie gemaakt van de geboekte vooruitgang, waarbij ook de correcte besteding van het budget wordt opgevolgd. Hiertoe rapporteert men over de resultaten en de vooruitzichten voor latere toepassingen. Op basis van het tussentijds verslag kan beslist worden of de mandataris wordt uitgenodigd op een vraaggesprek met externe deskundigen. Wenst de kandidaat gedurende de uitvoering van een mandaat het innovatiedoel ingrijpend te wijzigen, dan moet hij dit tijdens de tussentijdse evaluatie voorleggen. Bij positief advies kan het mandaat verder gezet worden met een gewijzigd innovatiedoel. Er zal rekening gehouden worden met zowel de kwaliteit van de voorgestelde wijziging als met de haalbaarheid van het gewijzigd innovatiedoel in de resterende periode, met inbegrip van de kans op het behalen van het doctoraat.

De finaliteit van een Baekeland-mandaat is het behalen van een doctoraat. Voor een doctorandus is publiceren zeer belangrijk. Binnen een Baekeland-mandaat heeft de mandataris dan ook het recht op publicatie. De publicatie kan uitgesteld worden voor octrooiredenen, maar de mogelijkheid tot publiceren kan de mandataris niet ontzegd worden zonder gegronde reden.

Het agentschap kent het bedrijf projectmatige steun toe, uitbetaald in jaarlijkse voorschotten. Het eerste voorschot wordt uitbetaald na ontvangst van de ondertekende steunovereenkomst en samenwerkingsovereenkomst. Later is de betaling door het agentschap afhankelijk van de correcte naleving van de afspraken.

Het bedrijf is verantwoordelijk voor de tijdige betaling van de eventuele partners. De universitaire uitvoerder is contractueel een onderzoekspartner. Het bedrijf betaalt zijn totale factuur, die deel uitmaakt van de kosten waarop de steun berekend is en de subsidie toegekend werd.

Op het einde van de projectuitvoering worden de reële kosten geverifieerd. In functie van de aanvaarde kosten en het toegepaste steunpercentage wordt de totale steun bepaald. Een eindschijf wordt uitbetaald, rekening houdend met de reeds betaalde voorschotten.