Er is 4,5 miljoen euro budget voorzien voor steun aan het onderzoeksdeel van de ICONs in de pilootoproep. Het deel bedrijfssteun wordt bijgepast door VLAIO (bedrijfsinnovatiesteun). Dit betekent dat er projecten kunnen gesteund worden voor een totale begroting van ca. 11,25 miljoen euro. 

• Het bedrijfsdeel (typisch een onderzoeksproject) wordt gefinancierd aan de toepasselijke steunpercentages zoals vastgelegd voor onderzoeks- en ontwikkelingsprojecten, uitgezonderd de 10% extra steun voor samenwerking bedrijven. Deze toeslag voor samenwerking van bedrijven wordt bij ICON niet toegekend. Het bedrijfsdeel in ICON wordt maximaal gelijkgesteld met de reguliere bedrijfssteun (onderzoeksprojecten en ontwikkelingsprojecten). Dat wil zeggen: zelfde kostenbasis, projectduur, steunplafonds (max. 60% voor onderzoeksprojecten, max. 50% voor ontwikkeling, max. 3 miljoen eur steun voor het bedrijfsdeel), zelfde evaluatiecriteria, zelfde gevraagde informatie, …. 
• Het onderzoeksdeel in ICON wordt gefinancierd aan 100%. De projecttermijn van het onderzoeksdeel dient in overeenstemming te zijn met het bedrijfsdeel van de thematische ICON (max. 4 jaar). De projectbegroting van het onderzoeksdeel is a priori vastgelegd op maximaal € 500.000/jaar. Indien het project in consortiumverband wordt uitgevoerd, kan de projectbegroting worden verhoogd tot maximum € 500.000/jaar vermenigvuldigd met het aantal rechtspersonen die als projectaanvrager optreden (op voorwaarde dat de deelprojectbegroting van deze projectaanvragers minimaal 15% van de totale projectbegroting bedraagt).

De manier waarop de projectbegroting wordt opgebouwd en welke kosten aanvaardbaar zijn, wordt uitgelegd in het document ‘Aanvaardbare kosten in innovatiesteun-projecten’. Er is een Excel-template beschikbaar om de begroting op te maken. Het gebruik ervan is verplicht. De projectbegroting wordt verder toegelicht in het toelichtingsdocument voor thematische ICONs. Hieronder alvast enkele aandachtspunten:

• In een Personalised Medicine ICON-project is voldoende inbreng van bedrijven vereist. Dit betekent concreet dat een verhouding van minstens 60 bedrijfsdeel/40 onderzoeksdeel per ICON project dient gehaald te worden bij indiening (op niveau van aanvaarde begroting).
• Het streefdoel op oproep niveau is minstens 30% kmo-betrokkenheid (aantal & begroting). 
• Onderaannemingen buiten Vlaanderen kunnen als aanvaardbare kost in aanmerking genomen worden, en zijn beperkt per Vlaamse bedrijfspartner tot 50% van de partnerkosten. Binnen ICON kan op deze 50%-beperking een uitzondering toegestaan worden voor een buitenlandse onderaannemer uit dezelfde bedrijvengroep mits er een duidelijk aantoonbare kennistransfer naar Vlaanderen is met een belangrijke meerwaarde en noodzaak voor het project en het brede consortium. 
• De aankoop van stalen en data kan als grote kost worden opgenomen. Het verzamelen van nieuwe stalen/data kan als activiteit in het project of grote onderaanneming worden opgenomen. De stalen worden beheerd door het ziekenhuis en moeten ter beschikking gesteld worden van het onderzoek binnen het ICON project, maar moeten ook beschikbaar gesteld worden voor vervolgonderzoek. De collectie/aankoop van de stalen kan maar 1 maal vergoed worden. Als de stalen al eens verzameld/aangekocht werden, kan er geen kosten voor worden opgenomen in een (ICON) project. De aankoop/ inzameling van stalen/data moet steeds passen bij noden van bedrijven en passen binnen het wetgevende kader van biobanken.
• Voor het onderzoeksdeel geldt dat 
  • de totale kostprijs van de taken die worden voorgesteld om aan onderaannemers toe te vertrouwen, kan niet meer dan 30% van de voorgestelde projectbegroting van het onderzoeksdeel bedragen. 
  • buitenlandse onderzoeksorganisaties kunnen ingeschakeld worden tot max. max. 20% (Vlaamse hogescholen en universiteiten in Brussel vallen niet onder deze beperking).